这个保护国历史的整个进程几乎由于1889年罗得斯创办的英国南非公司的建立而改变。甚至在颁发特许状—它说明该公司的主要活动范围是英属博茨瓦纳北部、德兰士瓦和葡属领地西部—之前，罗得斯就提出每年捐赠四千英镑以维持在博茨瓦纳保护国驻有一名帝国专员。从一开始，毫无疑问殖民部的意图就是要让公司最后接管这个保护国，从而使英国政府不再负担管理的开支和责任。罗得斯本人尤其决心要达到这个目标，经常提醒国务大臣也理解这一点。

然而，巴茨瓦纳酋长们却一致拒绝把保护国转交给这个特许公司。他们得到当时的高级专员亨利，洛赫爵士的支持，他对国务大臣说:把卡‘马及其人民转交给一个商业公司将是“没有哪个政府会干的一种背信弃义的行为’，。塞贝尔、卡马和巴托恩三位酋长甚至在1895年前往伦敦敦促解决他们的问题。最后达成协议:酋长们将沿“北方之路”割让一片狭长土地给公司，以此支持公司把在建筑中的铁路加以延长的计划。在殖民大臣方面则答应各酋长都应有“一个象从前一样在女王保护下生活的国家”。酋长们达到了目的，不会处于公司的管理之下;但是这个决定仅适用于他们自己管辖范围之内的地区，并且讲清楚了部落土地将进一步划分。然而，关于向公司移交权力的整个问题在1896年2月3日文告中实际上被否定了，因为文告把移交无限期延迟了。这一决定是招致不幸的詹姆森袭击约翰内斯堡事件的直接结果，袭击是从该保护国发动并得到罗得斯支持的。因此很清楚，帝国政府必须在这个地区行使权力，特别是在博茨瓦纳殖民地已在前一年被转让给开普殖民地之后。进一步的拖延只能造成帝国政府对南部非洲发生的事件失去一切控制的可能。根据这一决定，保护国的行政当局从弗赖堡向北迁至马弗京，虽然仍在保护国边界以外，但从行政管理的效果来说，位置好得多。公司再也不能强制要求管理这个保护国的权利了，尽管事实上它的合法权利大概一直持续到1923年它的特许状到期为止。

这个保护国的第一个历史时期到此就结束了。人民对自己的土地放心了，掠夺者侵犯的危险不复存在。游移的日子一去不复返了，对六十多年来给巴茨瓦纳人部落的生活蒙上一层阴影的马塔别列人的恐俱已成为过去的事。日益稳定的局面结束了自相残杀的战争，这个保护国专心致志于艰巨的任务:确定部落边界，划分土地供建设通向北方的铁路之用，以及最后，接受保护国地位的法律含义。